Les dispositions tarifaires spécifiques régionales ne sont pas applicables aux voyageurs effectuant un trajet qui n'emprunte que pour partie un service d'intérêt régional ; seuls leur sont applicables les tarifs afférents aux services d'intérêt national.

De même, les tarifs afférents aux services d'intérêt national sont applicables aux voyageurs effectuant un trajet qui emprunte des services d'intérêt régional relevant de la compétence de deux régions distinctes, sauf si les deux autorités organisatrices compétentes ont passé, en application de l'article 21-5 de la loi du 30 décembre 1982 susvisée, une convention d'exploitation particulière prévoyant une tarification spécifique.

Un usager disposant d'un titre de transport pour un parcours à l'intérieur de la région, qui est assuré soit par un service d'intérêt national, soit par un service d'intérêt régional, peut emprunter indifféremment un train de l'un ou l'autre service, sauf dans le cas des trains à accès limité dont la liste est transmise par la SNCF aux régions concernées.