En complément de leur rémunération principale, une indemnité de sujétion spéciale est versée au président et aux vice-présidents du collège de la Commission de régulation de l'énergie.

Le montant de cette indemnité est fixé par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de l'industrie et de la fonction publique. Il est indexé sur la valeur du point d'indice de la fonction publique.