Lorsqu'un opérateur exerce à la fois des activités de transport et de stockage, il tient une comptabilité interne séparée pour chacune de ces deux activités.

Les opérateurs de stockage souterrain de gaz naturel exploitant à la fois des stockages inclus dans les infrastructures mentionnées à l'article L. 421-3-1 et des stockages non inclus dans de telles infrastructures tiennent une comptabilité séparée de chacune de ces activités. Les activités de ces opérateurs ne concourant pas aux finalités mentionnées à l'article L. 421-3 font également l'objet d'une comptabilité séparée.
La comptabilité des opérateurs de stockage souterrain de gaz naturel est établie selon des règles approuvées par la Commission de régulation de l'énergie. Elle peut être contrôlée par celle-ci ou par tout autre organisme indépendant que la commission désigne, aux frais des opérateurs.