Les responsables de données cités à l'article 5, les membres, les experts, le président et le vice-président du comité sont tenus de remplir une déclaration publique d'intérêts qui est publiée sur le site dpi.sante.gouv.fr. Cette dernière doit être remplie dans les meilleurs délais, mise à jour annuellement et dès que cela le nécessite.
Un projet de recherche ou une étude ne peut être évalué par un rapporteur qui a ou a eu un intérêt direct ou indirect avec le projet à titre personnel ou professionnel.
Chacun d'entre eux s'engage à informer le président du comité des liens d'intérêts éventuels pour chaque dossier examiné. En cas de conflit d'intérêt ou de doute sérieux, il est tenu de se déporter avant examen du dossier.
Lorsque le président a connaissance d'un lien d'intérêt d'un des membres avec un dossier examiné et qu'il estime que le conflit d'intérêt manifeste, il invite ce dernier à se déporter.

Les membres du comité, les experts, ainsi que toute personne appelée à assister aux réunions du comité, sont tenus à une obligation stricte de confidentialité des débats et des documents qui leur sont communiqués, quelle qu'en soit la forme (papier ou électronique) et de respect du secret professionnel conformément à l'article 93 du décret n° 2019-536 du 29 mai 2019.