Par arrêté du ministre de l'économie et des finances et du ministre de l'action et des comptes publics en date du 5 juillet 2017, le groupement d'intérêt public « Mission de la mémoire de l'esclavage, des traites et de leurs abolitions » est soumis au contrôle économique et financier prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 modifié relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel près le ministère chargé des outre-mer est désigné pour exercer ce contrôle.