Par arrêté du ministre d'Etat, ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire, de la ministre de l'économie, de l'industrie et de l'emploi et du ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique en date du 5 décembre 2008, le Port autonome de Paris est autorisé à voir sa participation dans le capital de Paris Terminal SA passer de 43,43 % à 37,99 %. De même, la participation du grand port maritime du Havre peut être ramenée de 9,15 % à 8 %, celle du grand port maritime de Dunkerque de 3,49 % à 3,05 % et celle du grand port maritime de Rouen de 3,12 % à 2,73 %.
Ces évolutions résultent d'une augmentation de capital de 644 934 euros de Paris Terminal SA avec une prime d'émission de 41 792,40 euros souscrite par deux actionnaires de la société.