Le directeur est choisi parmi les directeurs d'études et maîtres de conférences de l'Ecole pratique des hautes études, et les autres enseignants-chercheurs et personnels assimilés qui exercent dans l'établissement. Le directeur est nommé́ par le président de l'Ecole pratique des hautes études, sur proposition du conseil de direction de l'institut, après avis du conseil d'administration de l'Ecole pratique des hautes études, pour une durée de quatre ans renouvelable deux fois.
Le président de l'Ecole pratique des hautes études peut nommer, dans les mêmes conditions, un directeur adjoint, dont le mandat prend fin en même temps que celui du directeur.
Le directeur préside à la mise en œuvre des orientations émanant du conseil de direction et à la gestion ordinaire de l'institut.
Il présente annuellement au conseil d'administration et au conseil scientifique de l'Ecole pratique des hautes études un rapport sur les activités et le budget de l'institut.