Les indicateurs permettant le suivi et l'évaluation de l'efficacité du programme d'actions régional sont précisés dans ce programme. Le préfet de région établit un tableau de bord par zone vulnérable ou partie de zone vulnérable, en individualisant, le cas échéant, les zones prévues au II, III et IV de l'article R. 211-81-1 du code de l'environnement.

Le préfet de région établit un rapport destiné à mettre en évidence les moyens mis en œuvre, les progrès réalisés dans la limitation des pratiques à risques pour la pollution azotée des eaux et l'évolution de la teneur en nitrates des eaux. Ce rapport est établi au plus tard avant la fin de l'année précédant le réexamen des programmes d'actions prévu à l'article R. 211-81-4 du code de l'environnement. Il sert de situation de référence pour construire le programme d'actions régional suivant et réaliser son évaluation environnementale.