Le programme et les modalités de l'enseignement sont fixés par le directeur général des douanes et droits indirects sur proposition du directeur de l'école. Cet enseignement est dispensé sous forme de conférences, cours magistraux, travaux dirigés, études de cas et travaux d'application.
Il porte notamment sur les disciplines suivantes :
1. Relations économiques et accords commerciaux internationaux ;
2. Droit communautaire et politiques communes ;
3. Missions, organisation et gestion des services et des personnels ;
4. Législations douanières et fiscales ;
5. Législations et réglementations d'ordre public ;
6. Pouvoirs juridiques et contentieux répressif ;
7. Méthodologie des contrôles et lutte contre la fraude ;
8. Comptabilité commerciale ;
9. Informatique et bureautique ;
10. Pratique des langues vivantes étrangères ;
11. Développement individuel (communication orale et écriture) ;
12. Pratique des sports individuels ou collectifs.
Les élèves atteints d'une incapacité permanente ou temporaire sont dispensés, sur justification médicale, des activités sportives.