La première période de formation alterne entre des cycles de formation à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire et des stages au sein des services de l'administration pénitentiaire. Les élèves chefs des services pénitentiaires sont placés sous l'autorité et la responsabilité du directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire pendant toute la durée de cette période.
La deuxième période de formation est constituée d'un stage sur le lieu d'affectation et de regroupements pédagogiques à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire destinés à assurer la montée en compétence, en situation réelle, des stagiaires. Les chefs des services pénitentiaires stagiaires sont placés sous l'autorité et la responsabilité du chef du service d'affectation pendant toute la durée de cette période.

La formation porte sur les domaines suivants :

- l'adhésion aux valeurs du service public pénitentiaire et déontologie ;
- les connaissances juridiques et réglementaires nécessaires à l'exercice des missions ;
- la connaissance des publics et de l'environnement professionnel pénitentiaire ;
- le développement des compétences d'encadrement et de management des personnels et des services ;
- l'analyse des situations et la capacité décisionnelle ;
- la sécurité de la détention et des personnels ;
- la gestion d'un service relevant de l'administration pénitentiaire.

Durant la première période de formation, le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire décide des affectations sur les lieux de stage, proposées par les directeurs interrégionaux des services pénitentiaires.
Durant les périodes de stage, les élèves chefs des services pénitentiaires sont considérés comme des apprenants et ne peuvent en conséquence être assimilés à des fonctionnaires titulaires.