La première période de formation alterne entre des cycles de formation à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire et des stages au sein des services de l'administration pénitentiaire. Les élèves lieutenants sont placés sous l'autorité et la responsabilité du directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire pendant toute la durée de cette période.
La deuxième période de formation est constituée d'un stage sur le lieu d'affectation destiné à assurer la montée en compétence, en situation réelle, des stagiaires. Les lieutenants stagiaires sont placés sous l'autorité et la responsabilité du chef du service d'affectation pendant toute la durée de cette période.

La formation porte sur les domaines suivants :

- l'adhésion aux valeurs du service public et déontologie ;
- les connaissances juridiques et réglementaires nécessaires à l'exercice des missions ;
- la connaissance des publics et de l'environnement professionnel pénitentiaire ;
- le développement des compétences d'encadrement et de management des personnels et des services ;
- l'analyse des situations et la capacité décisionnelle ;
- l'apprentissage des techniques et des gestes professionnels indispensables à l'accomplissement du service ainsi qu'au maintien de l'ordre et de la sécurité dans les établissements ou services pénitentiaires.

Durant la première période de formation, le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire décide des affectations sur les lieux de stage, proposées par les directeurs interrégionaux des services pénitentiaires.
Durant les périodes de stage, les élèves lieutenants pénitentiaires sont considérés comme des apprenants et ne peuvent en conséquence être assimilés à des fonctionnaires titulaires.