Le secrétaire du conseil scientifique est nommé par le conseil scientifique sur proposition de son président.

Le conseil scientifique se réunit sur convocation de son président, sans condition de quorum.
La convocation est adressée aux membres du conseil scientifique au moins quinze jours à l'avance. Elle indique l'ordre du jour et est accompagnée des documents nécessaires. Tout ou partie de ces documents peut, à titre exceptionnel en cas d'urgence, faire l'objet d'un envoi séparé, qui intervient au moins trois jours ouvrables avant la tenue de la séance du conseil scientifique.

Le président du conseil scientifique fixe l'ordre du jour de la réunion et en dirige les débats.
En cas d'empêchement du haut-commissaire à l'énergie atomique, les représentants de l'Etat désignent parmi eux un président de séance.
Assistent également aux séances avec voix consultative les personnes dont l'audition est demandée par le président du conseil scientifique.
Les avis, recommandations et rapports du conseil scientifique sont adoptés, soit après constat d'un consensus par le président du conseil scientifique, c'est-à-dire en l'absence de toute opposition ou objection d'un membre du conseil scientifique, soit à l'issue d'un vote.
En cas d'adoption par consensus, le compte rendu de séance mentionne que l'avis, la recommandation ou le rapport est adopté à l'unanimité.
En cas de vote, le résultat des votes est acquis à la majorité simple des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.