Le contrôleur budgétaire établit un programme de contrôle a posteriori et d'analyse de circuits et procédures sur la base d'une analyse de risques constatés par le contrôleur budgétaire dans l'exercice de ses missions ou lors des travaux de contrôle interne budgétaire ou dans les conclusions d'audits. Les risques identifiés peuvent porter sur la qualité de la comptabilité budgétaire tenue ou la soutenabilité de la programmation et de son exécution.
Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut proposer au contrôleur d'un organisme d'être associé à un contrôle a posteriori ou à une analyse de circuits et procédures.

Le contrôleur budgétaire peut contrôler a posteriori des actes soumis ou non à visa ou avis préalable, sur un périmètre de dépenses défini après concertation avec le responsable de la fonction financière ministérielle.
Le contrôle budgétaire et comptable ministériel exerce ce contrôle sur les actes de l'ensemble des services du ministère.
Le contrôleur budgétaire doit informer l'autorité concernée par le contrôle a posteriori et préciser les documents demandés. L'autorité concernée est tenue de communiquer tous les documents nécessaires au bon accomplissement de ce contrôle au plus tard dans un délai d'un mois. Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôle sont transmises à l'autorité concernée. Celle-ci indique les mesures qu'elle entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés ou corriger les erreurs ou omissions signalées.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut analyser les circuits et procédures de dépenses des ordonnateurs. Le contrôleur budgétaire arrête le déroulement des travaux après concertation avec le responsable de programme et le responsable de la fonction financière ministérielle. Les conclusions de cette analyse sont transmises au responsable de programme et au responsable de la fonction financière ministérielle. Ceux-ci indiquent les mesures qu'ils entendent mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés.