La nomenclature des destinations de dépenses comprend trois agrégats :

1. Le premier agrégat se rapporte à l'activité conduite par les unités de recherche, d'expérimentation et de service de l'Institut national de la recherche agronomique.
   Les crédits des unités de l'Institut national de la recherche agronomique rattachées aux départements de recherche tels que définis à l'article R. 831-12 du code rural sont présentés, délégués, engagés et suivis dans leur consommation par département de recherche.
   Sont regroupés sur deux lignes distinctes, d'une part, les crédits alloués aux directions scientifiques dont les directeurs sont nommés par le président de l'institut en application de l'article R. 831-9 du code rural, d'autre part, les crédits affectés aux activités de recherche conduites à l'extérieur des départements.
   Les crédits du premier agrégat sont également présentés selon une deuxième ventilation se référant aux axes stratégiques de l'institut.
   Une dotation à répartir comprend les crédits de recherche dont la répartition par ligne de destination de dépense du premier agrégat ne peut être précisée au moment de la présentation du budget.
2. Le deuxième agrégat se rapporte aux actions communes de l'établissement et recouvre :
   - les grands équipements scientifiques ;
   - le partenariat scientifique ;
   - les actions de valorisation des résultats de la recherche ;
   - les relations internationales ;
   - l'information scientifique et technique ;
   - les actions de communication interne et externe ;
   - la formation permanente.
   L'agrégat comporte en outre une dotation à répartir correspondant notamment aux contreparties de recettes liées aux actions communes mais dont la répartition par action au sein de l'agrégat ne peut être précisée au moment de la présentation du budget.
3. Le troisième agrégat se rapporte aux fonctions support. Ces fonctions comprennent :
   - l'action sociale ;
   - les moyens informatiques communs, incluant les dépenses de création et de maintenance des systèmes d'information ;
   - les opérations immobilières d'acquisition, d'entretien, de mise aux normes et de construction ;
   - les moyens généraux des services centraux ;
   - les moyens généraux des services territoriaux ;
   - les moyens généraux des unités de recherches ;
   - les opérations financières ;
   - les autres dépenses générales.
   L'agrégat comporte en outre une dotation à répartir correspondant notamment aux contreparties de recettes liées aux fonctions support mais dont la répartition par fonction ne peut être précisée au moment de la présentation du budget.
4. Hors agrégats sont constituées :
   - une réserve pour hausses des rémunérations ou des charges sociales ;
   - une dotation à répartir correspondant notamment aux contreparties de recettes et aux dépenses de personnel dont la répartition entre agrégats ne peut être précisée au moment de l'approbation du budget.