Lorsqu'ils soupçonnent un manquement à la législation ou en cas de doute quant à l'identité ou à la destination réelle du lot ou quant à la correspondance entre le lot et les garanties conférées par le certificat qui l'accompagne, les agents officiels procèdent aux contrôles complémentaires qu'ils jugent utiles pour confirmer ou écarter la suspicion, ou dissiper le doute. Le lot concerné est consigné sous le contrôle de l'agent officiel dans l'attente de la décision. Dans ce cas, la dérogation prévue à l'article 10 peut être appliquée.

Si les doutes et soupçons sont confirmés, le ministre chargé de l'agriculture peut instaurer un renforcement des contrôles sur les produits de même origine.