Lorsqu'ils soupçonnent un manquement à la législation ou en cas de doute quant à l'identité ou à la destination réelle du lot ou quant à la correspondance entre le lot et les garanties conférées par le certificat qui l'accompagne, les agents officiels procèdent aux contrôles complémentaires qu'ils jugent utiles pour confirmer ou écarter la suspicion, ou dissiper le doute. Le lot concerné est consigné sous le contrôle de l'agent officiel dans l'attente de la décision. Dans ce cas, la dérogation prévue à l'article 10 peut être appliquée.
Si les doutes et soupçons sont confirmés, le ministre chargé de l'agriculture peut instaurer un renforcement des contrôles sur les produits de même origine.

Lorsque les lots ne respectent pas la législation relative aux aliments pour animaux, les agents officiels, après avoir entendu les intéressés au chargement, prennent les mesures suivantes pour que les lots soient :
― détruits, conformément à l'article 19 du règlement n° (CE) 882/2004 susvisé ;
― ou soumis à un traitement spécial conformément aux articles 19 et 20 du règlement n° (CE) 882/2004 susvisé ;
― ou réexpédiés hors de la Communauté conformément aux articles 19 et 21 du règlement n° (CE) 882/2004 susvisé ;
― ou soumis à d'autres mesures appropriées telles que l'utilisation des aliments pour animaux à des fins autres que celles initialement prévues.