En cas d'inobservation par le titulaire de l'agrément des obligations prévues au cahier des charges, l'agrément peut être retiré par le ministre chargé de l'environnement au vu d'un rapport du service chargé de l'inspection des installations classées et après avis de la commission interministérielle d'agrément.
Le ministre chargé de l'environnement avise le titulaire de l'agrément de la proposition de retrait en en précisant les motifs. Celui-ci dispose d'un mois pour présenter ses observations.
Ces observations ainsi que le rapport du service chargé de l'inspection des installations classées sont transmis à la commission interministérielle d'agrément qui émet un avis.
Au vu de cet avis, le cas échéant, l'agrément est retiré par arrêté du ministre de l'environnement.
Les motifs de retrait de l'agrément sont notifiés à l'intéressé par le ministre chargé de l'environnement.