Pour l'accomplissement de cette mission, il anime et coordonne l'action des préfets des départements et des régions intéressés, il assure la programmation et est ordonnateur des dépenses afférentes aux crédits qui lui sont délégués dans le cadre de cette mission, et il négocie et conclut, au nom de l'Etat, toute convention avec les collectivités territoriales ou leurs établissements publics.
Il peut déléguer sa signature :
a) Aux préfets des régions et des départements intéressés, qui peuvent, pour les attributions d'ordonnancement susmentionnées, subdéléguer leur signature aux chefs de service des administrations civiles de l'Etat placés sous leur autorité et à leurs subordonnés ;
b) Au secrétariat général pour les affaires régionales et, en cas d'empêchement de celui-ci, aux agents de catégorie A placés sous son autorité.
Il est assisté dans sa mission par les chefs des services déconcentrés de l'Etat qui ont reçu, à cet effet, de leur ministère de rattachement une mission spécifique.