Par arrêté du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie et du secrétaire d'Etat au budget en date du 20 mai 1998, le contrôle économique et financier de l'Etat sur les agences régionales de l'hospitalisation est assuré, selon les modalités prévues par le décret no 55-733 du 26 mai 1955, par une mission de contrôle économique et financier spécialisée créée sous la dénomination « Contrôle d'Etat des ARH ».

L'arrêté du 12 septembre 1996 chargeant la mission Sécurité sociale, action sociale, santé d'exercer le contrôle économique et financier de l'Etat sur les agences régionales de l'hospitalisation est abrogé.