Une commission interne des marchés est chargée d'émettre un avis sur les principaux projets de marchés passés par le Centre national d'études spatiales et sur les politiques d'achat associées. Sa composition et ses modalités de fonctionnement sont fixées par le conseil d'administration, sur proposition de son président.

Le président de la commission établit un rapport annuel d'activité. Ce rapport est examiné par le comité d'audit, qui rend chaque année un avis au conseil d'administration.

Les conditions générales de passation, de financement et de contrôle des marchés sont fixées par le conseil d'administration. Elles s'inspirent de la réglementation des marchés de l'Etat.

La composition et les règles de fonctionnement de la commission des marchés instituée auprès du Centre national d'études spatiales sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'espace, du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du budget.