La commission consultative paritaire est présidée par le directeur général de l'administration et de la modernisation.
Le président est, en cas d'empêchement, remplacé par l'un des représentants de l'administration siégeant à la commission consultative paritaire. Il en est fait mention au procès-verbal de la réunion.

La commission consultative élabore son règlement intérieur. Ce règlement intérieur est soumis à l'approbation du ministre de l'Europe et des affaires étrangères.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint, et transmis, dans le délai d'un mois, aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission lors de la séance suivante.

La commission consultative paritaire se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président. Elle peut se réunir également dans un délai maximal de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président de la commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour.
Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée. Ils ne participent pas au vote.

La commission consultative paritaire est saisie par son président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants du personnel de toutes questions entrant dans sa compétence.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret.

Les séances de la commission ne sont pas publiques.

Un représentant du personnel dont le cas est soumis à l'examen de la commission ne peut prendre part aux délibérations de la commission lorsque celle-ci est appelée à statuer sur son cas. Il est alors remplacé par un membre suppléant.

Toutes facilités doivent être données à la commission consultative paritaire par l'administration pour lui permettre de remplir ses attributions. En outre, communication doit lui être donnée de toutes pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de ses missions huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de la commission, sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission, sans que ce temps puisse excéder deux journées.
Les membres de la commission sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents et à l'obligation de confidentialité s'agissant des situations individuelles dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

La commission consultative ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le présent arrêté, ainsi que par le règlement intérieur.

Les membres de la commission consultative paritaire ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans cette commission. Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.