Par arrêté du ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat et de la ministre de la santé et des sports en date du 17 décembre 2009, la décision modificative n° 1 du budget primitif 2009 de l'agence régionale de l'hospitalisation de Franche-Comté est approuvée et le nouveau montant des enveloppes est respectivement arrêté pour le personnel à 849 547,00 €, pour le fonctionnement à 400 979,00 € (montant auquel s'ajoutent 69 900,00 € au titre des dotations aux amortissements) et pour l'investissement à 66 000,00 €.