L'autorité chargée d'exercer le contrôle économique et financier de l'Etat sur l'Agence, ci-après dénommée « le contrôleur général », exerce une mission générale de surveillance de l'activité et de la gestion financière de l'organisme. Elle analyse notamment les risques auxquels l'organisme est susceptible d'être confronté, et en évalue la performance, en veillant aux intérêts patrimoniaux et financiers de l'Etat.
Dans ce cadre, le contrôleur général peut évaluer, en liaison avec les services d'audit de l'organisme, les circuits et procédures mis en place et leur efficacité.