Les enseignements dispensés à l'école sont d'ordre théorique et pratique et comprennent des travaux d'application à la mer et sur le terrain ainsi que des stages en groupe hydrographique et océanographique.

Les épreuves donnant lieu à notation sont fixées par les programmes d'enseignement de chaque cursus.

L'école peut faire appel à des intervenants extérieurs à l'établissement pour une partie des enseignements qu'elle dispense.

Certaines formations dispensées par l'école peuvent être organisées en collaboration avec d'autres établissements.