La sous-direction de l'organisation comptable et de la modernisation de la dépense publique comprend quatre bureaux.
Bureau de l'organisation comptable :

• mise en place et animation des départements comptables ministériels ;
• organisation et animation des pôles comptables en trésorerie générale.

Bureau de la modernisation de la dépense publique :

• modernisation de la réglementation relative à l'organisation, à l'exécution et au contrôle des opérations de dépense de l'Etat et des dépenses exécutées pour le compte du budget communautaire ; animation du contrôle hiérarchisé de la dépense ;
• élaboration et simplification de la réglementation financière et comptable des opérations de l'Etat à l'étranger ;
• appui à la modernisation des systèmes d'information relatifs à la dépense ;
• animation et assistance juridique au réseau des services déconcentrés du Trésor public et - en liaison avec la direction du budget - au réseau des contrôleurs financiers déconcentrés ;
• valorisation des informations comptables relatives à la dépense ;
• ordonnancement des crédits du fonds de secours aux victimes de sinistres et calamités.

Bureau des rémunérations et des pensions :

• pilotage et animation des services liaison-rémunérations (SLR) sur la chaîne des dépenses de rémunération de l'Etat ; assistance à maîtrise d'ouvrage du chantier dépenses de personnel et LOLF ; maîtrise d'ouvrage des applications de paye des agents de l'Etat ;
• pilotage et animation des centres régionaux des pensions (CRP) ;
• expertise juridique des dépenses de personnel et de pensions.

Bureau des opérateurs de l'Etat :

• réglementation budgétaire, financière et comptable des dépenses et recettes des établissements publics nationaux, des établissements publics locaux d'enseignement et des organismes de sécurité sociale ;
• assistance et conseil technique en matière juridique, financière et organisationnelle envers ces organismes ;
• animation, formation et soutien des agents comptables qui gèrent ces organismes ;
• liquidation d'établissements publics de l'Etat et d'organismes para-administratifs ou professionnels ; fonctions d'ordonnateur principal délégué du compte spécial du Trésor correspondant (compte 904-14) ;
• budgets annexes et comptes spéciaux du Trésor.