Pour stopper la perte de biodiversité sauvage et domestique, restaurer et maintenir ses capacités d'évolution, l'Etat se fixe comme objectifs :
― la constitution, d'ici à 2012, d'une trame verte et bleue, outil d'aménagement du territoire qui permettra de créer des continuités territoriales ;
― la mise en œuvre de mesures de protection, de valorisation, de réparation des milieux et espèces naturels et de compensation des dommages causés à ceux-ci, tenant compte des spécificités des territoires ruraux, insulaires et de montagne et s'articulant de manière cohérente avec les dispositifs existants de protection ; sans préjudice des dispositifs de compensation et d'évaluation en vigueur, lorsqu'il n'existe pas d'autre solution que la réalisation d'un projet ou d'un programme susceptible de nuire à la biodiversité, des mesures de compensation proportionnées aux atteintes portées aux continuités écologiques dans le cadre de la trame verte et bleue seront rendues obligatoires selon des modalités définies par le code de l'environnement en concertation avec les élus locaux et les acteurs de terrain ;
― le renforcement du rôle de la stratégie nationale de la biodiversité et l'élaboration, y compris outre-mer, de stratégies régionales et locales cohérentes dans le respect des compétences des collectivités territoriales et en concertation avec l'ensemble des acteurs concernés ;
― la mise en œuvre d'une stratégie nationale de création d'aires protégées terrestres identifiant les lacunes du réseau actuel afin de placer sous protection forte, d'ici dix ans, 2 % au moins du territoire terrestre métropolitain : cet objectif implique notamment la création de trois nouveaux parcs nationaux et l'acquisition à des fins de lutte contre l'artificialisation des sols et de valorisation, notamment agricole, de 20 000 hectares de zones humides par les collectivités publiques, identifiées en concertation avec les acteurs de terrain, sur la base de données scientifiques ;
― la création d'aires marines protégées afin de couvrir, en incluant notamment le réseau Natura 2000 en mer et la création de parcs naturels marins, 10 % des eaux placées sous la souveraineté de l'Etat dans les limites de la mer territoriale, d'ici à 2012 en métropole, et d'ici à 2015 dans les départements d'outre-mer ; les collectivités d'outre-mer et les collectivités en Nouvelle-Calédonie volontaires seront aidées pour la mise en place et la gestion de ces aires ;
― la mise en place d'ici à 2013 de plans de conservation ou de restauration compatibles avec le maintien et le développement des activités humaines afin de protéger les espèces végétales et animales en danger critique d'extinction en France métropolitaine et outre-mer, dont 131 ont été recensées en 2007 ;
― la mise en œuvre de plans de lutte contre les espèces exotiques envahissantes, terrestres et marines, afin de prévenir leur installation et leur extension et réduire leurs impacts négatifs ;
― la réalisation des documents d'objectifs dans les sites Natura 2000 d'ici à 2013 ;
― le renforcement du soutien de la France à la création d'un groupe d'expertise scientifique internationale pour la biodiversité sur le modèle du Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat.

L'Etat se fixe comme objectif la création, d'ici à 2012, d'une trame verte constituée, sur la base de données scientifiques, des espaces protégés en application du droit de l'environnement et des territoires assurant leur connexion et le fonctionnement global de la biodiversité, et d'une trame bleue, son équivalent pour les eaux de surfaces continentales et leurs écosystèmes associés.
Leur élaboration associera l'Etat, les collectivités territoriales et les parties concernées sur une base contractuelle. L'élaboration de la trame bleue s'effectuera en cohérence avec les travaux menés par les commissions locales de l'eau.
Leur pilotage s'effectuera dans chaque région en association étroite avec les collectivités territoriales et en concertation avec les acteurs de terrain dans un cadre cohérent garanti par l'Etat.
Les modalités de leur prise en compte par les documents d'urbanisme, les schémas d'aménagement et de gestion des eaux, les schémas d'infrastructures, la fiscalité locale et les concours financiers de l'Etat seront précisées à l'issue d'un audit qui aboutira avant fin 2009.
A cet effet, l'action des conservatoires d'espaces naturels sera confortée par une reconnaissance spécifique.

L'efficacité des actions menées en faveur de la biodiversité implique une amélioration de sa connaissance et une mise en cohérence des dispositifs existants. Pour cela, l'Etat se fixe comme objectifs :
― la mise à jour d'ici à 2012 de l'inventaire des zones naturelles d'intérêt écologique, floristique et faunistique, marines et terrestres, et la révision, dans les mêmes délais, des listes d'espèces menacées ;
― la création d'un réseau de conservatoires botaniques nationaux pour la flore et les habitats ;
― l'étude, en concertation avec le comité visé à l'article 1er de la présente loi, des dispositifs permettant d'évaluer et de valoriser les services rendus par la biodiversité à la collectivité et aux acteurs socio-économiques ;
― l'augmentation et la diversification des moyens de la Fondation scientifique pour la biodiversité ;
― le soutien à la formation et à la recherche en sciences de la nature, notamment dans le domaine de la taxinomie ;
― la mise en place d'un observatoire national de la biodiversité mettant à la disposition du public une information actualisée ;
― le suivi et l'évaluation des mesures prises en application du présent chapitre.

L'Etat contribuera au financement d'actions destinées à élaborer la trame verte et bleue, à mettre en place et gérer des aires protégées, à acquérir des zones humides, à sauvegarder les espèces menacées, à inventorier la biodiversité et à analyser son érosion.
Afin de mettre ces actions en œuvre, la part de financement de l'Etat pourra être portée progressivement de 190 à 300 millions d'euros par an d'ici à 2013. L'Etat engagera de plus une négociation pour développer des solutions nouvelles de financement pour la biodiversité. Il fera appel aux financements de la Communauté européenne. Il mettra à l'étude des propositions d'outils économiques à disposition des collectivités territoriales et des initiatives pour développer la contribution des entreprises.
Six mois après la publication de la présente loi, l'Etat, sur la base d'un audit, fera état des mesures fiscales défavorables à la biodiversité et proposera de nouveaux outils permettant un basculement progressif vers une fiscalité mieux adaptée aux nouveaux enjeux environnementaux.