Les directeurs de département scientifique sont nommés par le président de l'Institut de recherche pour le développement, après avis du conseil scientifique. La durée maximale de leur mandat est de cinq ans, renouvelable une fois. Leur fonction n'est pas compatible avec celle de membre du conseil d'administration, du conseil scientifique, d'une commission scientifique ou d'une commission de gestion de la recherche et de ses applications.
Les directeurs de département scientifique assurent l'animation scientifique du département et veillent au développement de collaborations entre les départements.