La couverture des coûts relatifs à la mise en place et la tenue du registre national est assurée par des frais de tenue de compte à la charge des détenteurs des comptes, dont le montant est fixé par le ministre chargé de l'énergie.
Outre, le cas échéant, la rémunération du délégataire, ces frais comprennent exclusivement la part des coûts relatifs aux études préalables et aux développements imputables à cette mission ainsi que les coûts directement liés à l'exploitation administrative et à la maintenance du registre.