Le BEA-TT et le BEA mer ont pour mission de réaliser les enquêtes techniques définies par l'article L. 1621-2.
Ils ont également vocation à recueillir, exploiter et diffuser les informations relatives aux pratiques et aux enseignements de retour d'expérience sur les accidents ou incidents de transport terrestre et les événements de mer.
Ils réalisent des études et recherches en matière de retour d'expérience et d'accidentologie.

Les autorités de l'Etat et de ses établissements publics, ainsi que celles des collectivités territoriales pour les services de transport et les infrastructures dont elles ont la charge, informent sans délai le bureau d'enquêtes compétent des événements de mer, accidents ou incidents de transport terrestre mettant en cause gravement la sécurité des personnes, notamment lorsqu'ils impliquent des transports effectués par des professionnels.
Pour l'exercice de leurs missions, les bureaux d'enquêtes peuvent faire appel à l'ensemble des services de l'Etat compétents dans leurs domaines respectifs.

L'organisation du BEA-TT est fixée par arrêté du ministre chargé des transports et celle du BEA mer par arrêté du ministre chargé de la mer.

La nomination du secrétaire général du BEA-TT et du BEA mer vaut commissionnement en qualité d'enquêteur technique.

Outre les enquêteurs techniques mentionnés à l'article R. 1621-7, chaque bureau d'enquêtes comprend des agents techniques ou administratifs.
Les enquêteurs et agents sont, selon qu'ils sont titulaires ou contractuels, affectés ou recrutés sur proposition du directeur de chaque bureau d'enquêtes.

Pour chaque enquête, le directeur du BEA propose au ministre, soit le recours aux moyens propres du bureau et, le cas échéant, pour les accidents de transport terrestre, à des enquêteurs techniques non permanents recrutés dans les conditions fixées par l'article R. 1621-24, soit la constitution d'une commission d'enquête. Dans ce dernier cas, le ministre désigne, sur proposition du directeur, le président de la commission choisi parmi les enquêteurs du BEA, ainsi que les autres membres de la commission choisis en fonction de leurs compétences et présentant des garanties d'indépendance et d'impartialité. Les membres de la commission ont la qualité d'enquêteur technique.

Les enquêteurs techniques, autres que ceux mentionnés à l'article R. 1621-7, sont commissionnés par le directeur du BEA-TT pour ceux de ces enquêteurs affectés dans ce bureau d'enquêtes et par le ministre chargé de la mer, sur proposition du directeur du BEA mer, pour les enquêteurs techniques affectés dans ce bureau. Le commissionnement ne peut intervenir si la personne concernée a fait l'objet d'une condamnation ou d'une décision mentionnée au bulletin n° 2 du casier judiciaire national.
Le commissionnement peut leur être retiré dans l'intérêt du service selon la même procédure.

Les médecins rattachés aux bureaux d'enquêtes et les médecins désignés par les directeurs pour les assister, ainsi que les médecins membres de commissions d'enquête, reçoivent communication à leur demande de toute information ou document à caractère médical relatif aux personnes mentionnées à l'article L. 1621-15. A partir des renseignements recueillis, ils sélectionnent les éléments de nature à éclairer les circonstances et les causes de l'événement, de l'accident ou de l'incident faisant l'objet de l'enquête.

La rémunération des enquêteurs techniques et des experts qui ne sont pas affectés au BEA-TT ou au BEA mer ou qui ne sont pas mis à la disposition de l'un de ces bureaux d'enquêtes, est fixée par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé des transports s'agissant du BEA-TT ou du ministre chargé de la mer pour le BEA mer.

Le directeur peut rendre publiques les recommandations mentionnées à l'article R. 1621-9, accompagnées, le cas échéant, des réponses reçues des destinataires.
Les mêmes dispositions sont applicables aux recommandations de sécurité qui peuvent être émises à la suite d'études de retour d'expérience et d'accidentologie.

Le directeur de chaque bureau d'enquêtes établit un rapport annuel sur ses activités qui est rendu public.