L'autorité portuaire assure la gestion de la circulation ferroviaire sur les voies ferrées portuaires.
Elle assure à ce titre l'égal accès aux voies ferrées portuaires.

L'autorité portuaire détermine parmi les voies ferrées relevant de sa compétence celles d'entre elles ayant le caractère de voies ferrées portuaires et, sous réserve qu'elles ne soient pas indispensables à la circulation publique, celles ayant le caractère d'installations terminales embranchées au sens de l'article L. 5351-3.
La conception, la réalisation, la maintenance et l'utilisation des installations terminales embranchées sont soumises aux dispositions du décret n° 92-352 du 1er avril 1992 relatif aux mesures à prendre pour assurer la sécurité des travailleurs dans les établissements où il est fait usage de voies ferrées.

L'établissement, la modification ou la suppression d'un raccordement entre le réseau ferré national et les voies ferrées portuaires est financé par l'établissement public « Réseau ferré de France » dans les conditions fixées par l'article 4 du décret n° 97-444 du 5 mai 1997 relatif aux missions et aux statuts de Réseau ferré de France.