La prise en considération des avant-projets des travaux de construction, d'extension et de modernisation et l'autorisation de ces travaux font l'objet de décisions du ministre chargé des ports maritimes après avis du conseil d'administration. Toutefois, pour les travaux définis à l'article L. 5313-9, le conseil d'administration demeure compétent dans les conditions fixées à cet article.

Lorsqu'il y a lieu à instruction, celle-ci se déroule conformément à l'article R. 5313-66.