Les marchés des ports autonomes sont soumis au code des marchés publics, à l'exception des articles 125 et 126 pour les marchés ne donnant pas lieu à une participation financière de l'Etat.

Les marchés, achats ou commandes inférieurs au seuil mentionné à l'article 28 du code des marchés publics sont soumis à des règles fixées par le conseil d'administration et approuvées par le ministre chargé des ports maritimes et le ministre chargé des finances.