La commission régionale des pêches maritimes et de l'aquaculture marine concourt, dans chaque région littorale, à la mise en oeuvre de la politique publique de la pêche et de l'aquaculture marine et à l'orientation des choix d'équipement dans ces secteurs. Elle est régie par les dispositions des articles 8 et 9 du décret n° 2006-665 du 7 juin 2006 relatif à la réduction du nombre et à la simplification de la composition de diverses commissions administratives.
La commission est notamment consultée, dans les cas et selon les modalités prévus par les dispositions législatives ou réglementaires, sur les projets d'investissements dans les secteurs des pêches maritimes et de l'aquaculture marine pour lesquels est demandée une aide de l'Etat ou une aide publique relevant de la politique commune de la pêche ainsi que sur l'attribution, par l'Etat ou l'un de ses établissements, de subventions destinées à un équipement ou outillage portuaire à usage collectif nécessaire à l'activité de pêche ou au débarquement, à la commercialisation et à l'expédition des produits de la pêche.
Elle est également consultée sur la délivrance, par le préfet de région du lieu d'immatriculation du navire, des permis de mise en exploitation des navires de 25 mètres ou moins de longueur hors tout destinés à être armés à la pêche professionnelle, dans les conditions prévues à l'article R. 921-10.

La commission régionale des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est présidée par le préfet de région et comprend :
1° Des représentants des services de l'Etat, dont le directeur interrégional de la mer et le directeur régional des finances publiques ;
2° Des représentants des collectivités territoriales, dont le président du conseil régional et le président du conseil départemental de chacun des départements littoraux ;
3° Des représentants du secteur des pêches maritimes et élevages marins dont le président du comité régional des pêches maritimes et des élevages marins ainsi que des organismes bancaires intervenant dans ce secteur ;
4° Des personnes possédant une compétence scientifique et technique dans les domaines d'intervention de la commission.
Les membres de la commission régionale des pêches maritimes et de l'aquaculture marine sont désignés pour une durée de quatre ans. Leur mandat est renouvelable.