Sous réserve de l'application des dispositions de l'article R. 4322-47, Port autonome de Paris est soumis de plein droit aux règles de tutelle financière prévues par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 modifié relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et au contrôle budgétaire prévu par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Un commissaire du Gouvernement est désigné par le ministre chargé des transports. Il contrôle l'ensemble des opérations du conseil d'administration et vérifie le fonctionnement de tous les services.
Le contrôleur budgétaire est désigné par les ministres chargés de l'économie et du budget.

Le commissaire du Gouvernement correspond directement pour les besoins du service avec le président du conseil d'administration et avec le directeur général du port.
Il prend connaissance des projets en préparation ou en cours d'exécution.
Il a le droit de prendre connaissance à tout moment de tous les documents qu'il juge nécessaire pour constater la situation active et passive du port.

Le commissaire du Gouvernement transmet au ministre chargé des transports ses observations sur le rapport annuel d'activité présenté par le conseil d'administration.
Le contrôleur budgétaire établit un rapport sur la gestion économique et financière du port pendant l'année précédente ainsi que sur les comptes de la même année. Ce rapport est adressé aux ministres de l'économie et du budget.
Le commissaire du Gouvernement et le contrôleur budgétaire se communiquent leur rapport et leurs observations respectifs avant la transmission à leur ministre.