L'internat d'excellence de Montpellier est dirigé par un chef d'établissement, administré par un conseil d'administration et une commission permanente. Il comporte un comité d'excellence, présidé par le recteur d'académie, et un conseil pédagogique.
Le chef d'établissement est nommé parmi le corps des personnels de direction régi par le décret du 11 décembre 2001 susvisé.

Le conseil d'administration de l'établissement est composé ainsi qu'il suit :
1° Le chef d'établissement, président ;
2° Le recteur d'académie ou son représentant ;
3° Le préfet de région ou son représentant ;
4° L'adjoint au chef d'établissement ;
5° Le gestionnaire de l'établissement ;
6° Le conseiller principal d'éducation le plus ancien ;
7° Le chef des travaux ;
8° Trois représentants des collectivités territoriales : un représentant de la commune, siège de l'établissement, un représentant du département et un représentant de la région ;
9° Quatre personnalités qualifiées désignées par le recteur d'académie ;
10° Dix représentants élus des personnels de l'établissement, dont sept au titre des personnels d'enseignement et d'éducation et trois au titre des personnels administratifs, sociaux et de santé, techniques, ouvriers et de service ;
11° Dix représentants élus des parents d'élèves et des élèves, dont trois représentants des parents d'élèves et deux représentants des élèves pour l'ensemble des classes de niveau collège, et trois représentants des parents d'élèves et deux représentants des élèves pour l'ensemble des classe de niveau lycée.
Les mandats des membres élus du conseil d'administration sont de deux ans. Ils expirent le jour de la première réunion du conseil qui suit leur renouvellement.

Le comité d'excellence comprend au maximum quinze membres désignés par le recteur d'académie et choisis parmi des personnalités investies dans l'enseignement, la recherche et le monde économique et social ainsi que des représentants des directions régionales associées au fonctionnement de l'établissement.
Le comité d'excellence est un organe de réflexion. Il donne, en outre, un avis sur le projet d'établissement.

La commission permanente est composée ainsi qu'il suit :
1° Le chef d'établissement, président ;
2° L'adjoint au chef d'établissement ;
3° Le gestionnaire de l'établissement ;
4° Le conseiller principal d'éducation le plus ancien ;
5° Le chef des travaux ;
6° Cinq représentants élus des personnels, dont quatre au titre des personnels d'enseignement, de direction, d'éducation, de surveillance ou de documentation et un au titre des personnels administratifs ou d'intendance, sociaux et de santé, techniques, ouvriers et de service ou de laboratoire ;
7° Cinq représentants des parents d'élèves et des élèves, dont trois représentants élus des parents d'élèves et deux représentants élus des élèves, dont un pour les classes de niveau collège et un pour les classes de niveau lycée ;
8° Un représentant de la commune siège de l'établissement.

Pour la constitution et le fonctionnement des différents organes prévus aux articles D. 422-34 à D. 422-44 du code de l'éducation, l'ensemble des élèves et des classes de l'internat d'excellence de Montpellier est pris en compte.