En cas d'absence illégale ou de désertion du militaire au cours de la procédure, celle-ci se poursuit en l'absence de l'intéressé. Mention est faite de l'absence illégale ou de l'état de désertion du militaire dans chaque document établi au cours de la procédure.
En cas d'absence illégale ou de désertion avant la procédure, une sanction disciplinaire du troisième groupe peut être prononcée sans que soit demandé l'avis d'un conseil supérieur. Dans ce cas, la décision prononçant la sanction disciplinaire doit être précédée de l'envoi à la dernière adresse connue du militaire d'une mise en demeure, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, l'enjoignant de rejoindre sa formation administrative et lui indiquant les conséquences disciplinaires de son abandon de poste.