L'agent comptable de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est nommé par arrêté du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.
Des comptables secondaires sont nommés dans les établissements en gestion directe ou dans les établissements principaux des groupements, avec l'agrément de l'agent comptable de l'agence, par arrêté du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget. Plusieurs établissements en gestion directe peuvent être dotés du même comptable secondaire.
A la fin de chaque exercice, l'agent comptable prépare le compte financier de l'agence pour l'exercice écoulé. Ce compte retrace en un document unique les recettes perçues et les dépenses effectuées par les services centraux de l'agence ainsi que par les établissements d'enseignement.