Les lycées de la défense sont commandés par des officiers supérieurs en activité, chefs d'établissement, qui exercent leur autorité sur l'ensemble de l'établissement.
Le commandant du lycée est assisté par au moins un membre du corps des personnels de direction d'établissement d'enseignement ou de formation, de première classe ou de seconde classe, pour les questions relatives à l'enseignement.