La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion effectuée selon les règles du droit public.
Les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable lui sont applicables.
L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation et du ministre chargé du budget.