Le conseil interétablissements comprend l'ensemble des chefs d'établissement et le fonctionnaire ou agent chargé de la gestion du groupement.
Le conseil désigne son président parmi ses membres pour une période de trois ans renouvelable. Le président peut être le chef de l'établissement support du groupement.
Le conseil peut proposer au recteur la désignation d'un fonctionnaire de catégorie A chargé de la direction technique du groupement.