L'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique est administré par un conseil d'administration, assisté d'un comité d'investissement et dirigé par un directeur.
(Art. 6 du décret n° 2007-890 du 15 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique.)