Le conseil d'administration est présidé par le chef d'état-major de la marine ou son suppléant qui est nommé par arrêté du ministre de la défense.
(Art. 10 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)