Le directeur général est assisté par un directeur adjoint, nommé par arrêté du ministre de la défense sur sa proposition, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.
Il peut déléguer au directeur adjoint une partie de ses compétences.
(Art. 19 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)