Le directeur général de l'institut est responsable devant le ministre de la défense de l'observation des règlements militaires à l'intérieur de l'établissement ainsi que des dispositions du règlement intérieur de l'ISAE.
(Art. 16 du décret n° 2007-1384 du 24 septembre 2007 portant création de l'Institut supérieur de l'aéronautique et de l'espace.)