Le Conseil supérieur de la pêche est soumis au régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.