Pour la mise en oeuvre de ses missions, l'agence dispose dans chaque région d'une délégation régionale.

Le délégué régional exerce, sous l'autorité du président, les compétences qui lui ont été attribuées dans le cadre des dispositions arrêtées par le conseil d'administration. Il est ordonnateur secondaire des recettes et des dépenses.
Il est habilité à attribuer les concours financiers de l'agence dans les conditions fixées par le 2° du II de l'article R. 131-9.

I. - La commission régionale des aides est présidée par le délégué régional. Elle comprend, en outre :
1° Le secrétaire général aux affaires régionales ;
2° Le trésorier-payeur général de région ;
3° Le directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement ;
4° Le directeur régional de l'environnement ;
5° Le directeur régional de l'agriculture et de la forêt ;
6° Le directeur régional de l'équipement ;
7° Le délégué régional à la recherche et à la technologie ;
8° Le directeur régional des affaires sanitaires et sociales, ou leurs représentants ;
9° Ainsi que six personnalités qualifiées nommées par le préfet de région, sur proposition du délégué régional.
II. - Le délégué régional de l'Agence nationale pour la valorisation de la recherche et les directeurs des agences de l'eau concernées assistent au comité avec voix consultative.
III. - Le délégué régional peut appeler à siéger avec voix consultative toute personne dont l'avis lui paraît utile.
IV. - La commission régionale des aides examine les projets de concours financiers de l'agence dans les cas définis par le conseil d'administration en application du 2° du II de l'article R. 131-9. Ses avis sont émis à la majorité des membres présents. Le compte rendu des délibérations de la commission est transmis au préfet de région.
V. - Le délégué régional décide de l'attribution du concours financier sauf si le préfet de région demande, dans un délai de quinze jours à compter de la réception du compte rendu des délibérations de la commission régionale des aides, que la décision d'attribution soit prise par le président.
VI. - Le préfet de région peut demander l'inscription à l'ordre du jour de la commission régionale des aides de tout projet de concours financier.

L'agence peut entreprendre des actions conjointement avec les collectivités territoriales. Elle conclut à cette fin des conventions. Ces conventions sont signées au nom de l'agence par le président ou le délégué régional dans la limite de leurs compétences après avis de la commission nationale ou de la commission régionale des aides, en fonction du montant global des opérations envisagées, et après avis du préfet de région.
La commission régionale des aides est tenue informée des opérations entrant dans le cadre des conventions passées avec les collectivités locales. Chacune des opérations faisant l'objet de la convention est également soumise à l'avis de la commission des aides compétente.

Un comité régional d'orientation, placé sous la présidence du préfet de région, comprend les préfets de département, le délégué régional de l'agence et les autres membres de la commission régionale des aides.
Le comité régional d'orientation est réuni au moins une fois par an. Il examine l'articulation entre les actions régionales de l'Etat et celles de l'agence.
Le comité régional d'orientation entend le rapport d'activité du délégué régional, fait le bilan des actions entreprises et émet des recommandations, notamment sur les axes prioritaires des actions futures de l'agence dans la région.