Les établissements publics de santé sont soumis au régime budgétaire, financier et comptable défini par les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique et les dispositions suivantes.

L'exercice budgétaire et comptable couvre la période du 1er janvier au 31 décembre d'une même année, sauf dans le cas d'une première mise en exploitation d'un nouvel établissement ou d'une cessation définitive d'activité.

La nomenclature budgétaire et comptable est établie par référence au plan comptable général.
Elle comporte quatre niveaux :
1° Les classes de comptes ;
2° Les comptes principaux ;
3° Les comptes divisionnaires ;
4° Les comptes élémentaires.
La liste des comptes obligatoirement ouverts dans le budget et la comptabilité des établissements est fixée par arrêté des ministres chargés du budget, de la santé et de la sécurité sociale.

La comptabilité des établissements publics de santé a pour objet la description et le contrôle des opérations ainsi que l'information des autorités chargées de la gestion ou du contrôle de ces établissements.
Elle est organisée en vue de permettre :
1° La connaissance et le contrôle des opérations budgétaires et des opérations de trésorerie ;
2° L'appréciation de la situation du patrimoine ;
3° La connaissance des opérations faites avec les tiers ;
4° La détermination des résultats ;
5° Le calcul des coûts des services rendus, notamment en fonction des pathologies et du mode de prise en charge des patients ;
6° L'intégration des opérations dans la comptabilité économique nationale et dans les comptes et statistiques élaborés pour les besoins de l'Etat.

Dans le cas où les frais de séjour des malades ne sont pas susceptibles d'être pris en charge soit par les services de l'aide médicale, soit par un organisme d'assurance maladie, soit par le ministère des anciens combattants et victimes de guerre ou par tout autre organisme public, les intéressés ou, à défaut, leur famille ou un tiers responsable souscrivent un engagement d'acquitter les frais de toute nature afférents au régime choisi. Ils sont tenus, sauf dans les cas d'urgence, de verser au moment de leur entrée dans l'établissement une provision renouvelable calculée sur la base de la durée estimée du séjour. En cas de sortie avant l'expiration du délai prévu, la fraction dépassant le nombre de jours de présence est restituée.

Les nomenclatures des comptes composant les groupes fonctionnels mentionnés à l'article L. 6145-2 sont définies aux annexes 61-3 à 61-5.