Le fonds est géré par l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Conformément au tableau des emplois arrêté par le comité d'orientation, l'agence procède au recrutement du personnel nécessaire au fonctionnement du fonds. L'équipe de gestion du fonds est chargée, sous l'autorité du directeur général de l'agence :
1° De préparer le cahier des charges des actions d'information financées par le fonds ;
2° De proposer les critères de sélection des actions pouvant bénéficier d'une participation financière du fonds, d'organiser la sélection et de proposer la liste des actions ;
3° De suivre la réalisation des actions retenues par le comité d'orientation ;
4° De préparer le budget annuel du fonds, le tableau des emplois et le rapport d'activité du fonds.

Le comité d'orientation vote chaque année le budget autonome du fonds de promotion de l'information médicale et médico-économique en équilibre, sur proposition du directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.

Les dépenses du fonds sont notamment constituées par :
1° Le financement ou la participation au financement, après avis du groupe confraternel prévu à l'article D. 4000-4, des actions d'information et de communication retenues par le comité d'orientation prévu à l'article D. 4000-2 ;
2° Les charges des personnels assurant la gestion du fonds au sein de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé ;
3° Le remboursement forfaitaire à l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé des dépenses en dehors de celles prévues au 2° qu'elle expose pour la gestion du fonds et dont le montant est fixé après avis du directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, par arrêté des ministres chargés du budget, de la santé et de la sécurité sociale ;
4° Les autres frais de fonctionnement du fonds, y compris l'indemnisation des membres du groupe confraternel prévu à l'article D. 4000-4 dont le montant est fixé par arrêté des ministres chargés du budget, de la santé et de la sécurité sociale ;
5° Les dépenses occasionnées par l'évaluation des actions d'information et de communication au financement desquelles le fonds a participé.

Les opérations d'engagement, de liquidation et d'ordonnancement sont effectuées par le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Le paiement est effectué par l'agent comptable de l'agence.

Les opérations de dépenses et de recettes du fonds sont soumises au contrôle financier de l'Etat dans les mêmes conditions que celles qui sont applicables à l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Le contrôleur financier de l'agence assiste, sans voix délibérative, aux réunions du comité d'orientation.

Le directeur général de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé rend compte au comité d'orientation, chaque année en mars et septembre, de l'état de consommation des crédits du fonds de promotion. L'état établi en mars comporte un bilan de l'exécution budgétaire de l'année précédente et l'état établi en septembre comporte une état prévisionnel des dépenses de l'année suivante.

Un compte financier du fonds est établi à l'issue de chaque exercice comptable. Il est approuvé par le comité d'orientation. Le résultat de l'exercice est affecté au fonds. Ce résultat est retracé dans une ligne spécifique du bilan annuel de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé.

Pour l'application de l'article L. 4001-2, le produit de contribution pris en compte pour opérer le versement au profit du fonds mentionné à l'article L. 4001-1 est celui dû par les entreprises au titre du dernier exercice clos, conformément au premier alinéa de l'article L. 245-6 du code de la sécurité sociale.
Les modalités de ce versement sont déterminées par une convention conclue entre l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé et l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale.

Les délibérations du comité d'orientation prévues aux articles D. 4000-6 et D. 4000-11 sont transmises aux ministres chargés du budget, de la santé et de la sécurité sociale. Elles sont exécutoires en l'absence d'opposition des ministres dans un délai d'un mois.