Un compte spécifique appelé “ fonds du dispositif de contractualisation pluriannuelle ” est ouvert par le gestionnaire du réseau de transport français dans ses écritures comptables. Ce compte est destiné à retracer les flux financiers, pour chaque année de livraison, entre les acteurs obligés et les exploitants de capacité relatifs à la compensation mentionnée à l'article R. 335-83 et aux pénalités mentionnées à l'article R. 335-81.

Le gestionnaire du réseau de transport français assure la gestion administrative et financière de ce compte, ainsi que sa gestion comptable selon les règles de la comptabilité privée. Il est notamment chargé de la facturation et du versement de la compensation, du recouvrement des pénalités dues par les candidats retenus ne remplissant pas leurs engagements contractuels, de la constatation des éventuels défauts de paiement et le cas échéant des procédures de recouvrement.