L'Agence de services et de paiement assure l'instruction de la demande d'aide et, le cas échéant, de la demande d'avance, effectue le calcul de l'aide et de l'avance à partir des données transmises, notifie leur montant et procède à leur versement à l'entreprise. L'Agence de services et de paiement s'assure que les entreprises qui demandent le bénéfice de l'aide ne sont pas en difficulté au sens des lignes directrices de la Commission européenne concernant les aides d'Etat au sauvetage et à la restructuration d'entreprises en difficulté. Elle s'assure également que ne peuvent bénéficier de l'aide les entreprises ayant toujours à leur disposition une aide illégale antérieure déclarée incompatible avec le marché intérieur par une décision de la Commission et faisant l'objet d'une injonction de récupération, et ce jusqu'à ce que le montant total de l'aide illégale et incompatible et les intérêts correspondants aient été récupérés.

Elle dispose d'un délai dont le terme est fixé au 31 mai de l'année de présentation de la demande pour instruire l'ensemble des dossiers reçus, évaluer le montant total demandé et procéder au versement de l'aide et de l'avance aux entreprises.

Par dérogation à l'alinéa précédent, les demandes adressées au titre des coûts supportés en 2021 sont traitées par l'Agence de services et de paiement avant le 28 avril 2023.